Većina autora, pišući o Klisu, ili, pak, o tvrđavi Klis pišu o “nepristupačnoj hridini… između Kozjaka i Mosora”, a Lovre Katić piše o narodnoj predaji po kojoj je neka kraljica motreći Klis uskliknula “Lijepa li konja, da je još sedlo na njemu!”, a ovo sedlo, odnosno nepristupačna hridina smještena je na 43° 25′ sjeverne zemljopisne širine i 16° 23′ istočne zemljopisne dužine.
Geološke osobine šire kliške okoline karakterizira sedlasta konfiguracija planinskoga grebena koja je veza između Mosora s istočne strane i Kozjaka sa zapadne strane, planinâ prvog Dinarskog niza. Temeljne litološke članove na kliškim lokacijama sačinjavaju vapnenci, vapneni pješčenjaci, vapnene breče te lapori s više ili manje kalcitne komponente dok su u krovini produkti raspadanja osnovne stijene. Tla su raspoređena na terasastim padinama koja su dijelom obrađena (vinogradi i druge poljoprivredne površine), a uz rubove terasastih polja smještena su naselja: Rupotina (Gornja i Donja), Megdan, Belimovača, Grlo, Brdo, Kurtovići, Ozrna (Gornja, Srednja i Donja), Varoš, Kosa i Majdan.

Suvremena znanstvena proučavanja i istraživanja povijesnih kretanja naroda na istočnojadranskoj obali vode nas preko tekstova grčkih i rimskih pisaca prema Ilirima. Danas naše znanje obogaćuju, međutim, novi podatci utemeljeni na arheološkim istraživanjima, filološkim saznanjima, numizmatičkim nalazima i sl. tako da pokušavamo stvoriti nešto potpuniji mozaik znanja o ilirskim plemenima i ustrojstvu države, kulturi, jeziku, običajima, prošlosti, nego što smo znali prije suvremenih istraživanja. Nije sporno da su Iliri živjeli na kliškom području, a da su odigrali značajnu ulogu u antičkom svijetu i vremenu govore toliki ustanci i ratovi odnosno važnost koju im posvećuje Rim.
O ilirskom imenu imamo do danas mnogo teza, od kojih su neke doista nedokazive. Tako se tvrdi de je Illyrios, praotac Ilira, po legendi sin je Feničanina Kadma i Harmonije, kćerkom boga Aresa i boginje Afrodite (koji se u starosti pretvaraju u zmije), a mi, ovdje, možemo predstaviti tzv. autohtonu teoriju po kojoj se ilirska kultura formirala na ovom tlu na temelju starijih brončanodobnih kultura. Vjerujemo da je bio moguć kontinuitet između kultura brončanog i željeznog doba na cijelom Balkanu pa tako i na srednjodalmatinskom području o kojemu ovdje govorimo. Sigurno je da je ilirsko pleme Delmata tijekom III. i II. stoljeća pr. Kr. naselilo područje između Krke i Cetine spustivši se iz unutrašnjosti te okruživši isejske faktorije, među kojima Salonu. Glavni delmatski grad i dalje je ostao Delminium pa su Rimljani slali poslanstva ne bi li smirili delmatske upade u primorske gradove. Nakon odbijanja pregovora od strane delmatskih vođa, Senat je odlučio započeti rat protiv iznimno hrabrog i ustrajnog delmatskog plemena. Rat je trajao više od stoljeća i pol jer su Delmati, bez obzira na poraze, u više navrata dizali ustanke ili manje pobune. Posljednji veliki otpor (od 35. pr. Kr. do 32. pr. Kr.) pružili su Oktavijanu koji je, nakon pohoda po unutrašnjosti, došao pod Andetrium i Setoviju pod čijim je zidovima trajala posljednja delmatska bitka za opstojnost i nezavisnost. Delmati su izgubili ne prihvativši okupaciju, ali su još samo jednom, 12. godine pr. Kr. uspjeli nakratko zauzeti Salonu. Konačno su pokoreni nakon panonsko-delmatskog ustanka (Batonovog) od 6. do 9. godine koji je ugušio Oktavijanov posinak, budući car Tiberije. Da sačuvaju mir Rimljani su na ovom području zadržali dvije legije – VII. i IX. Sedma je legija imala sjedište u Ardubi (Gardun kod Trilja), a Deveta u Burnumu (Ivoševci kod Kistanja).
Iliri su tada bivali romanizirani, pa iako su, ubuduće, svi natpisi koje nalazimo na njihovu području pisani latinskim jezikom, oni su zadržali narodna imena u nazivima brdâ, vodâ, imanjâ, osobnim imenima… Za naš rad to je neobično značajno jer se dio imenâ ilirskoga korijena zadržao u Klisu do danas bez obzira na velike migracije koje su se događale u ovom kraju zbog njegove burne i krvave prošlosti

Iliri su gradili utvrđenja, tzv. gradine, čiji ostatci izranjaju do danas pred našim očima skrivajući svoje tajne. O ilirskim naseljima općenito se malo zna, mnoga su neistražena, ali se nešto više zna o gradinama. Je li u Klisu postojalo kakvo ilirsko (delmatsko ili koje starije) naselje danas možemo samo pretpostaviti. Vjerujemo da su iliska plemena nastavali šire kliško područje jer je ono bilo nastanjeno i u mlađe kameno doba što znamo iz tvarnih nalaza (iz tzv. impresso keramike pronađene u spilji Krčina kod Mihovilovića), a posebno zbog konfiguracije tla vrlo povoljne za stočarstvo, posebno za ovčarstvo i kozarstvo, glavno ilirsko zanimanje. Ako tomu dodamo vrijednost pitke vode (Jadro, potoci, bunari) i stratešku važnost Mosora, Kozjaka te hridine na kojoj je kasnije podignuta tvrđava Klis, možemo sa sigurnošću govoriti o ilirskim naseljima na kliškom području. Osim toga, ovdje nalazimo nekoliko vrlo značajnih nalaza koji potkrjepljuju ove tvrdnje.
Ilirska naselja građena su na planinskim zaravancima ili visoravnima kakve planine obično na njenim južnim osunčanim padinama. Hrvati su ostatke takvih, ograđenih suhozidom, naselja nazvali gradine, dok su ih Rimljani, zato što su bili utvrđeni, nazivali castellumima. Osim što su ta utvrđena naselja u prvom redu imala obrambenu ulogu, većina ih se izgrađena iznad dolina te su bila važna motrišta, ali je njihov položaj omogućavao stanovništvu gospodarski napredak. Gradine su bile opasane, obično, jednim redom suhozida, a starije od njih bijahu slabe obrambene moći.
Osim gradine u Klis Kosi Iliri su nam ostavili i nekoliko reljefa što prikazuju božanstvo Silvana, latinizirano ilirsko božanstvo kojemu se pripisuju i drugi nazivi ili epiteti: Vidasus (u paru s Thanom, odnosno Dianom), Silvanus – Magla, Silvanus – Messor (žetelac). Ovo šumsko božanstvo kozoliko je pa s njim u vezi danas tumačimo naziv Kozjaka, ali i grčkoga grada Tragurija (današnjeg Trogira) (grč. tragos – jarac; oros – brdo). Reljef s njegovim likom pronađen je na području Peruče gdje je božanstvo prikazano samo dok mu je sa strane isklesano stablo. Na glavi su mu kozje uši. Ponajviše iz salonitanske okolice potječu reljefi koji prikazuju Silvana s nimfama, a kliški prikaz Silvana s nimfama prikazuje golobradog mladića što sjedi na litici svirajući frulu te tako ne pleše u kolu s nimfama. Na ovom je reljefu teško raspoznati kozje noge te možemo samo pretpostaviti da ih je izvorno imao.

Salona je, a zasigurno i Klis kao rubno salonitansko naselje, pripadao Bizantskom carstvu, te je, budući središtem provincijske pokrajine teško osjećao stranačke bune i razmirice, nemire, raspadanje vojske i vrlo slabu upravu (Bizantskim Carstvom vlada Foka: 602. – 610.) koja nije mogla spasiti neminovni raspad nekada moćnoga carstva koje se više nikada ne će dignuti iz pepela (Salona je preplavljena izbjeglicama iz Sirmiuma koji je pao 582. godine). Romansko pučanstvo izbjeglo iz unutrašnjosti, iz krajeva koje su Avari i Slaveni već opustošili, širilo je defetizam među domaćim pukom, a o moralnoj propasti svjedoče same riječi papine upućene 594. godine đakonu Sabinijaninu kojima kori nasilje i podmićivanje Maksimovo (aktualnog salonitanskog biskupa) u kojem kaže: nam homines gloriosi viri patricii Romani ab eo praemia acceperunt, eumque ordinari fecerunt, ut Antonium subdiaconum et rectorem patrimonii nisi fugisset occiderent. Stranački život i nesloga doveli su do slabljenja obrambene moći grada koji je već prošao zenit slave za vrijeme rimske vladavine. Na ruševinama salonitanskim izrast će uskoro solinska svjetlost i veličina doseljenika, staro hrvatsko kraljevstvo.
Bizantski car Konstantin VII. Porfirogenet (913. – 957.) govoreći o tom sudbonosnom vremenu dolaska Hrvata piše o kliškom klancu gdje se okupljala vojska što je stražarila, najvjerojatnije na Cetini, čuvajući Salonu. Već je Prokopije pisao o uzvisini “na kojoj leži grad”, odnosno o klancu koji je u nesigurnim vremenima valjalo zaposjedati. Tako su, po Porfirogenetovim riječima, Avari i Slaveni zaskočili rimsku posadu te su, preobučeni, prevarili klišku posadu i ušli u grad odakle su imali nesmetan prolaz do Salone koju su lako osvojili povukavši se iz zapaljenoga grada. Salonitanci su se povukli nakon tih nekoliko dana opsade te su u “očajnim prilikama” kada “biskupa nema, rektor beskoristan, puk raspušten” (o ovom događaju piše Toma arciđakon) nemaju izlaza te spas traže u izbjeglištvu. Neko vrijeme ovaj je slavni grad gotovo nenaseljen jer se Hrvati naseljavaju po njegovim predgrađima i u okolici, vojno poraziše Avare koji se nakon toga povlače u Panoniju gdje tijekom VIII. stoljeća potpuno iščezavaju iz povijesti. Naseljenu zemlju nakon dolaska Hrvati nazivaju svojim imenom, a povijesni izvori govore da se u to doba Hrvatska sastojala od Bijele i Crvene Hrvatske. Bijela se Hrvatska prostirala od Raše do Neretve, a Crvena od Neretve do Bojane. Na području Bijele Hrvatske živjelo je dvanaest hrvatskih plemena, a na teritoriju Crvene Hrvatske trinaest pa je znakovito da suvremeni hrvatski grb ima dvadeset i pet polja (12 srebrnih i 13 crvenih). Tijekom vremena od ove dvije hrvatske cjeline, uključujući bizantsku temu Dalmaciju, nastat će Dalmatinska Hrvatska koje kralj Tomislav nakon pobjeda nad Madžarima i Bugarima sjedinjuje s Panonskom Hrvatskom u jedinstvenu kraljevinu. Svoju su državu hrvatski knezovi administrativno podijelili po županijama. Jedna od njih, sa sigurnošću možemo reći – najznačajnija, postala je Parathalassia ili Kliška županija sa župskim gradom Klisom. Županija je naziv za upravnu jedinicu kojom upravlja župan (iupanus), povjerenik vladara koji upravlja u njegovo ime, a zadržao se stoljećima u Hrvatskoj. U prošlosti se na području Bijele Hrvatske nalazilo dvanaest županija: Ninska, Lička, Podgorska, Sidraga, Bribirska, Kninska, Cetinska, Dridska, Zminjska, Kliška, Imotska i Mokron.

Kliška županija prostirala se od Resnika kod Trogira na zapadu, preko Kozjaka i Mosora na sjeveru, desnom obalom rijeke Cetine do njenog ušća na istoku kod Omiša, te poljičkim primorjem preko rijeke Žrnovnice do predjela Dujmovača na jugu. Smatra se da je obuhvaćala naselja i gradove: Klis, Bijaće, Ostrog, Solin, Mravince, Selo (Sumpetar), Gradac…, a graničila je sa četiri županije: Dridskom, Zminjskom, Cetinskom i Mokronom.
Doseljenje Hrvata najznačajniji je događaj u kliškoj prošlosti jer Klis postaje vladarski posjed te jedno od središta starohrvatske države, a sam knez Trpimir ga spominje u svojoj ispravi iz 852. godine kao svoje imanje – dvor. Pod Klisom, u Rižinicama, knez je Trpimir dao podići crkvu i prvi benediktinski samostan u Hrvatskoj o čemu svjedoči pronađeni kameni ulomak s uklesanim kneževim imenom i titulom (… pro duce Trepimero… – …molite za kneza Trpimira…). Znanstvenici, ispravno, pretpostavljaju kako je knez Trpimir podrijetlom iz ovoga kraja (Kliške županije) jer je mogao darovati samo svoju rodovsku zemlju, a u navedenoj ispravi on daruje svomu kumu, nadbiskupu Petru, zemlju koja se nalazi u Kaštelima ili blizu njih. Neven Budak kaže: “Zemlje koje su bile osnova vlasti i moći Trpimirovića mogle su potjecati iz dva izvorišta: ili su bile baština roda, ili su bile dio nekadašnjeg carskog fiska što se sada našao u rukama hrvatskih vladara (…) U Klisu je stolovao Trpimir, pa možemo čak pomišljati da se njegov rod uzdigao do najviše časti u Hrvatskoj zahvaljujući tome što je u svojim rukama imao ključnu utvrdu…”
Klisom je tada, bez obzira je li hrvatski vladar boravio u njemu ili u kojemu drugom posjedu, upravljao župan, stanovito vrijeme i njegov sudac. O tomu svjedoče prijepisi isprave hrvatskoga kneza Muncimira iz 892. godineu kojoj je kao svjedok potpisan kliški župan Sibidrag. U Sumpetarskom kartularu (oko 1090. godine) u tzv. “Bilajskom sporu” oko zemljišta u poljičkom primorju navodi se kliški sudac Volen. Tijekom srednjega su vijeka društvene prilike pretpostavljale da su stanovnici Kliške županije uglavnom bili slobodni seljaci, poljodjelci, stočari i ribari, a crkvi su plaćali desetinu dok su svoje obveze prema vladaru izvršavali vojnom službom, plaćanjem poreza te uzdržavanjem vladarske obitelji i njene pratnje, dok je župan, kao vladarov službenik na ovom području, imao svu upravnu, sudbenu i vojnu vlast.
Danas se ne može pouzdano reći gdje se nalazio vladarski dvor (curtis), ali postoje najmanje dvije pretpostavke. Po prvoj vladarski dvor nalazio se na mjestu današnje tvrđave Klis, na prostoru pogodnom za obranu, ali i dominirajućem mjestu nad cijelom okolicom. Druga je mogućnost da je vladarsko imanje-dvor bio u Kliškom polju što ne mora značiti da je dvor bio na području mjesta Klisa, već je mogao biti i u Solinu, koji je kao tada malo naselje doista bio u Kliškom polju. Tako je kralj Petar Krešimir IV. u svojoj povelji tvrdio kako drži uzde kraljevstva svoga blažene uspomene djeda kralja Mihajla Krešimira III. i oca kralja Stjepana I., koji sretno počiva u Kliškom polju (avi mei beatae momoriae Cresimiri regis, patrisque mei regis Stephani in Clisio campo feliciter quiescentis habenas regni retinens) (po nekim tumačenjima umjesto riječi Clisio piše Elisio – polju mira). Treća je mogućnost da je vladarsko imanje bilo na prostoru uz gornji tok rijeke Jadra, negdje na jednoj od uzvisina iznad suvremene tvornice cementa. Kako je na tom lokalitetu arheološkim istraživanjima potvrđeno starohrvatsko groblje iz X. ili XI. stoljeća gdje su pronađeni i zlatni predmeti, možda je to mjesto curtis nostrae. U neposrednoj blizini izgrađena je i crkva sv. Petra i Mojsija, krunidbena bazilika kralja Zvonimira te nas to, možda, upućuje na lokalitet kraljevskoga dvora. Uglavnom, po nama dva su prostora pogodna za vladarsko imanje: blizina izvorišta Jadra ili tvrđava Klis, no bez arheoloških istraživanja ovih lokacija nije moguće ništa ustvrditi.
Sigurno je jedno da je Kliška županija kolijevka hrvatske dinastije Trpimirovića te da su Trpimirovići posjedovali velik dio teritorija (teritorium regale) ove županije te je nesporno da je na njenom tlu vladarska obitelj imala imanja-dvore u Bijaćima i Solinu, a vjerojatno središnji dvor u samomu neosvojivomu Klisu.

Nakon propasti hrvatske narodne dinastije Klis ne gubi na značenju, već mu se značaj u nemirnim stoljećima srednjega vijeka povećava zbog njegovog strateškog značaja. Tako je Klis bio u kraljevskim rukama (dinastije Arpadović), odnosno u rukama njihovih knezova, banova, ali su neki od njegovih upravitelja bili samostalni i upravljali su gradom po svom nahođenju. Knez Domald je vladajući Klisom od 1221. do 1227. godine zlostavljao splitske građane plijeneći im stoku i odvodeći ih u ropstvo. No, Splićani su mu uzvratili istom mjerom jer je i sam bio uhvaćen, zasužnjen, ošišan te na magarcu doveden u Split. Tijekom razmirica među hrvatskim velikašima te stalnih parbi za pojedine utvrđene gradove, od kojih je Klis bio jedan od najvažniji jer je nadzirao trgovinu srednjodalmatinskih gradova sa zaleđem i Bosnom, vladala je velika nesloga u kraljevstvu koje je oslabilo da se nije moglo oprijeti strašnoj opasnosti s istoka. Divlji su Tatari, naime, u bujici rušili sve pod sobom. Njihova je laka konjica uspješno pobjeđivala europske teške konjanike i slabo organizirane vojske, među ostalima i slabu vojsku kralja Bele IV Arpadovića. Kralj Bela je odmah napustio Ugarsku pobjegavši u Austriju odakle je, opljačkan, došao u Zagreb dodijelivši Gradecu 1242. godine Zlatnu bulu. Svoju je obitelj poslao u Split, no neprijatelji Splićana su kraljici savjetovali neka se s djecom skloni u utvrđeni Klis. Bela je odmah potom došao u Klis, ali je pobjegao u Trogir ostavivši branitelje u Klisu pod vodstvom župana Brativoja i kneza Butka Julijanova. Tatari su, pod vodstvom Kaidanovom, u ožujku 1242. godine pod Klisom doživjeli prvi europski neuspjeh te se vratiše svojim azijskim stepama. Nakon povratka u Klis kraljici Mariji u njemu umriješe dvije kćeri Margarita i Katarina te ih pokopahu u maleni sarkofag koji smjestiše nad glavna vrata katedrale Sv. Duje u Splitu.

U to doba zaredala su neprijateljstva između Splita i Klisa jer su Klis i Trogir na kraljevoj strani, a Split je u rukama kraljevih protivnika. Klisom upravljaju kraljevi župani i kaštelani, a često u njemu borave i hrvatski banovi.
Poslije smrti Bele IV. Šubići Bribirski postaju gospodari Hrvatske južno od Gvozda. Juraj I. Šubić najradije je stolovao u Klisu odakle je nadzirao primorske gradove. Knez Juraj I. umire 1302. godine, a 1304. godine u Bosni ubijaju njegova brata Mladina I. te njegov drugi brat Pavao I. u Klis postavlja svoga sina Jurja II. Nakon Pavlove smrti ban postaje njegov sin Mladin II., ali zavist hrvatskih velikaša stvarala je nered u Hrvatskoj gdje su dalmatinski gradovi, šurujući s Mlečanima, ustajali protiv svoga bana. Banu je jedini oslonac bio u Klisu odakle je njegov brat Juraj II. pružao vojnu pomoć prijeteći i Splitu i Trogiru. Kada je nakon bezbrojnih parbi, nemira, pobjeda i poraza 1330. umro knez Juraj II. Šubići su držali u svojoj vlasti samo Klis, Skradin i Omiš.
Najstariji Jurjev sin Mladin III. Šubić (“štit Hrvata”) vladao je Klisom od 1330. do 1348. godine te je najznamenitiji Šubić Kliški. Mladin III. je sklopio mirovne ugovore s okolnim gradovima, a posebno je dobre odnose njegovao s Trogirom. U Klisu je udao sestru Jelenu za Vladislava Kotromanića. Taj velikaški par dao je povijesti prvoga bosanskoga kralja hrvatske krvi, Tvrtka I. Kotromanića. Mladin III., međutim, bez obzira na diplomatske uspjehe nije mogao sačuvati svoj rod od propasti jer ga je jedini ostao braniti. Pred smrt vjenčao se s Jelenom, sestrom srpskog vladara Dušana Nemanjića, ali ni ta veza nije mogla pomoći propasti njegove loze. Knez je Mladin III. 1348. godine umro od kuge te je pokopan u trogirskoj katedrali. Nakon njegove smrti Šubićke traže Klis za svoj rod: Katarina Dandolo, žena Pavla III. za Mletke, Jelena, Mladinova žena, za svoga brata Dušana, a Jelena, Mladinova sestra, za svoga sina Tvrtka I. Nakon višegodišnjih diplomatskih igara, ali i bitaka između zainteresiranih vojski, Klis postaje ponovno gradom hrvatsko-ugarskoga kralja Ludovica I Anžujskoga.
No, krajem XIV. stoljeća Klišani primiše vlast Tvrtkovu te su kliški plemići u poslanstvu na Tvrtkovu dvoru u Sutisci 1387. godine gdje dobivaju stare povlastice koje su imali za vrijeme Šubićeve uprave. Da bi osigurao svoju vlast u Klisu, a samim tim i nad Splitom, Tvrtko posla vojsku da zaposjedne grad. Osim toga u Klis je stigao Ivan od Paližne, prior vranski, siloviti ratnik u Tvrtkovoj službi i jedan od hrvatskih ustanika protiv kraljica Elizabete Anžuvinske i njezine kćeri Marije, koji je Klisom upravljao od 1387. do 1391. godine. To su bili teški dani za Split odakle građani traže zaštitu od kralja Sigismunda jer su “Bosna i Klis puni naših zarobljenika, plijena i otkupa za zarobljenike.”
Želeći pokoriti dalmatinske gradove Tvrtko I. šalje na njih vojsku na čelu s Vlatkom Vukovićem, no kobni ih događaji vraćaju u Bosnu. 1389. godine, naime, Tvrtko je poslao vojsku na Kosovo gdje su sudjelovali u srpskom porazu u srazu s turskom silom. Te je godine Tvrtkovu odsutnost iskoristio Sigismund te je njegov ban Ladislav od Lučenca zavladao Klisom, ali ga je Tvrtko vratio odmah sljedeće godine. No, Tvrtkova moć nije potrajala zadugo te je ban Nikola Gorjanski u Sigismundovo ime opet vratio Klis pod hrvatsko-ugarsku krunu 1394. godine.. Od 1401. do 1434. godine Klis je pod upravom Ivaniša Nelipića koji se nazivao “knezom cetinskim, kliskim, ramskim i omiškim”. Nakon Ivaniševe smrti Klis je baštinio, po supruzi, Ivan (Anž) Frankopan, ali kralj, ne želeći da Frankopani još više ojačaju, na njega šalje Matka Talovca koji je od Frankopanove udovice dobio Klis mirnim putom. Matka je naslijedio Petar Talovac, a ovoga Vladislav te su oni držali grad sve do 1458. godine.
U drugoj polovici XV. stoljeća postalo je jasno da će se za kršćansku Europu ubrzano početi odvijati nemili događaji, a stvari su se počele ubrzavati nakon 1463. godine, nakon pada Bosne u turske ruke.
Hrvatsko-ugarski kralj Matijaš Korvin, sposoban vladar, na ključna mjesta postavljao je u prvom redu sebi vjerne, ali sposobne ljude. Ban Pavao Spirančić zatražio je za sebe utvrđene gradove u dalmatinskom zaleđu (Knin, Sinj i čačvinu) i Klis te ih je dobio, ali umire već 1463. godine. Osim Turaka opasnost za Klis i hrvatski puk bijaše i Venecija jer su Mlečani stalnim diplomatskim igrama, mijenjajući strane, stalno pokušavali prodrijeti što dublje u hrvatski posjed. Klis im nije značio samo motrište na Split, Trogir, Kaštela i Zagoru, nego neosvojivu točku koja se odlično uklapala u njihove planove prodora u dalmatinsko zaleđe. Do poraza hrvatske vojske od Turaka na Krbavskom polju (1493. godine) Klisom su se izmjenjivali upravitelji u kraljevo ime: od Ivana Tuza od Laka, preko Žarka Vlatkovića, Pavla Tara do Žarka Dražojevića da bi neposredno nakon poraza hrvatske vojske na Krbavi Klisom upravljao stanoviti kapetan Atanazije. Hrvatski je Klis u najvećim iskušenjima. Na njega udaraju i Turci i Mlečani, od prekovelebitske Hrvatske ne može dobiti pomoć, a Europa nijemo gleda kako snažna turska vojska vrši priprave za udar na jednu od najvažnijih europskih obrambenih tvrđava toga doba.
U vrijeme dok Europljani otkrivaju Novi svijet u Klisu se nepovratno gasi jedno doba relativne sigurnosti i blagostanja. Hrvatima je u sljedećim stoljećima preostalo ginuti za oslobođenje domovine u neprestanim sukobima s Turcima .

Svemogi Bože moj, kim svaka postaju,
odvrati jur gnjev tvoj ter pomiluj naju.
Ostavi zlu volju, pozri na virni puk,
gdi trpi nevolju svak čas od turskih ruk.
Luge, sela, grade popliniv s’žegoše,
muže, žene, mlade svezav povedoše.
(M. Marulić – Molitva suprotiva Turkom)

Krajem petnaestoga stoljeća turska je vojska provalila preko Bosne do hrvatskih zemalja. U to vrijeme teškog stanja u državi, nakon smrti kralja Matije Korvina, hrvatski je narod pretrpio i velik poraz od turske vojske na Krbavskom polju gdje je poginulo ili zarobljeno više od trinaest tisuća vojnika. Nakon te pobjede Turci ne osjećaju prepreke za svoje pohode prema moru. Zalijeću se prema Trogiru, napadaju Sinj, Knin, Klis. Iz sjeverne Hrvatske gradovi na njenom jugu ne mogu dobiti pomoć jer je vojska oslabljena građanskim ratom i porazom pod Udbinom, a Turci kontroliraju sve ceste i prolaze prema moru. Da bi učvrstili svoj položaj na razmeđi između dalmatinske obale i zaleđa prema Bosni i putovima koji vode u hrvatsku unutrašnjost, trebali su snažno uporište za svoju vojnu silu. Najbolje mjesto koje će im pružiti stratešku prednost u odnosu na Veneciju i hrvatsko-ugarskog kralja je Klis. Odlučiše ga, stoga, uzeti.

Venecija je priječila pomoć Klisu, a kralj Vladislav II. Jagelović je bio toliko slab da je od samih Mlečana tražio pomoć. Ban Petar Berislavić, Trogiranin slao je u poslanstva Splićanina Tomu Nigera ne bi li dobio pomoć za vapijući hrvatski narod. No, pomoć nije dobio. Vetranović je tada oslikao hrvatsku svakodnevnicu poznatim stihovima:
” I vašoj državi, ku nogom poplesa –
Ni jednog ne ostavi hrabrenog viteza –
Nego sam Klis ostaje, u ki se uzda puk, –
Vaj, drazi Klišani, ali vi ne znate –
Što su zli krstjani, a u njih se uzdate.”

Uzalud su Hrvati tražili od europskih vladara da se zajedno odupru turskoj najezdi. Knez Bernardin Frankopan zatražio je od Nijemaca: “Molim vas u ime čitave Hrvatske, štoviše u ime svega kršćanstva, da već jednom pružite pomoć toj zemlji koja, čemu nema drugdje primjera, sama odbija turske navale, sve od onoga dana kad je Carigrad pao.” Uzalud, jer su europski vladari slabi i razjedinjeni, feudalna anarhija ostavila je traga, pa iako u to doba Columbo odlazi na najveće putovanje milenija, a europska znanost i umjetnost napreduje koracima od deset milja, u našoj poharanoj zemlji padaju gradovi jedan za drugim.
Klis započinje svoj epski život početkom XVI. stoljeća.
U to doba, naime, postalo je jasno da neće stići nikakva pomoć – niti u ljudstvu, niti u vojnoj opremi, niti u novcu. Poznato je da je knez kliški tada bio Dujam Žiličić (1520. godine), a nešto kasnije znamo za potknezove Cimbrića i popa Šimu (1532. godine), a kaštelani su stanoviti Atanazije (1494.) i Ivan Križanić (1514.). Kao župan se spominje 1518. godine neki Dimitrije. Koliko je Klis imao tada stanovnika, teško je danas govoriti sa sigurnošću. Ovdje, navodeći, neke važnije osobe što su morale imati udjela u obrani Klisa od Turaka, odnosno u diplomatskim odnosima s njima i Mlečanima, pregovorima i svim drugim akcijama poduzimanim da se spasi hrvatski puk u Klisu i primorju, dolazimo do najznačajnijeg kliškoga kneza, kapetana kliškog i branitelja Petra Kružića.

Petar je Kružić rođeni Poljičanin, iako o njegovu podrijetlu imamo i drugih mišljenja. U prilog tomu mišljenju ide cijela politička situacija u Dalmaciji te odnosi Poljičke kneževnine prema Turskoj, Veneciji i hrvatstvu. Naime, tijekom mnogih bitaka protiv Turaka pod Klisom, redovito su se isticali pojedini Poljičani te smatramo da je Petar Kružić doista odgojen u staroj hrvatskoj poljičkoj plemenitoj kući.
On je već početkom stoljeća (1513. godine) bio u Klisu obavljajući stanovitu vojničku dužnost – vjeruje se da je bio potkaštelan da bi ga ban Petar Berislavić imenovao kapetanom grada Klisa. Dok je Petar Kružić bio kliškim kapetanom, u podgrađem je vladao knez Dujam Žiličić te ga je Kružić osobito morao paziti jer je ovaj bio sklon predati (prodati!) Klis Turcima koji su na prvu ozbiljniju opsadu Klisa poduzeli već 1515. godine pod vodstvom Skender-bega Ornosovića. Taj pokušaj nije urodio plodom pa se Turci tek za nekoliko godina, točnije 1520. godine, ponovno upućuju osvojiti Klis, no tada u njemu nalaze “kapetana i kneza kliškog” Petra Kružića, a ne Žiličića u podgrađu sklonog izdati grad, te njihova nakana propada i ovoga puta. Kružić je doživio opsade odmah sljedeće godine, ali se Makut-paša morao povući sa svojih 2000 vojnika te se morao zadovoljiti paljenjem i pljačkanjem podgrađa. 1522. godine su poraz doživjeli Hasan-paša iz Mostara i Mehmed-beg, hercegovački sandžak-beg, ali je njihovu silu suzbio drugi hrabri Poljičanin Petar Novaković sa samo trista branitelja. Uskoro su Turci, dobivši novog sandžakbega, počeli opsežnije priprave za osvajanje Klisa. Mehmed-beg Mihalbegović je, naime, 1522. odlučio skršiti sav otpor koji su branitelji maloga grada pružali turskoj vojsci koja nije naučila trpjeti poraze, a posebno u vrijeme velikih sultana-osvajača Selima I. i Sulejmana II. Mehmed-beg je poslao svoga zamjenika Mustafu neka s 3.000 vojnika opkoli Klis čime je započela višemjesečna opsada. Kružić je, ne mogavši diplomatskim putom osigurati pomoć za svoje branitelje, iz Senja je doveo Grgura Orlovčića, s kojim je dijelio senjsku kapetaniju, te tisuću i petsto vojnika na četrdeset brodova. Kružić i Orlovčić su jurišem probili turske redove i oslobodili branitelje turske opsade istovremeno otevši Turcima tri topa. No, nakon te sjajne pobjede tek su uslijedile velike nevolje za hrvatski narod. Ivan Zapolja, nekadašnji takmac kralja Matijaša Korvina, opet se snažno upleo u politiku. Mnogi Hrvati su nezadovoljni vladavinom Ludovika II. Jagelovića budući da je bio slab vladar koji se nije mogao oprijeti Sulejmanu II. No, nakon 29. kolovoza 1526. godine postalo je jasno da se hrvatski narod bez pomoći drugih zemalja neće moći obraniti od turske vojske. Ludovik II. je, naime, potučen na Mohačkom polju, on sam je bježeći poginuo, a u bici je opet izginulo mnoštvo hrvatskih vitezova, a među njima i Grgur Orlovčić. Nakon toga drugoga velikog poraza, kada je izginula već druga generacija hrvatskih branitelja (Krbavsko i Mohačko polje u vremenskom razmaku od 31 godine), Hrvati biraju svoga vladara te se, po tko zna koji put, dijele između sebe. Jedni biraju za kralja ostarjelog Ivana Zapolju, a drugi Ferdinanda Habsburga. Nakon toga uslijedio je građanski rat. U tom međusobonom metežu i ratnom vihoru Kružić je morao sam brinuti i financirati obranu Klisa. Od Ferdinanda je zatražio da mu pomogne ili ga oslobodi službe, ali je to ovaj odbio. Kružić je trebao ostati vjeran njegovoj kruni i braniti njegove gradove: Klis i Senj. Videći kako Klisu ne stiže pomoć Husref-beg je (1528.) zatražio od Klisa da se preda, ali je to odbijeno. Tada se dogodio poznati megdan između Miloša Pariževića i Turčina Bakote na Parhnoj poljani, sjeverno od kliške tvrđave, gdje je Parižević pobijedio ušavši u legendu. Na spomen njegovoj pobjedi taj se kliški predio do danas naziva Megdan.
Kružić je imao neprijatelje i u Turcima i u Mlečanima i u nedostatku streljiva, hrane i novca, a kralj mu nije slao pomoć. Turci su, videći da bi Klis mogao pasti u njihove ruke, 1530. poduzeli značajne radove utvrđujući i gradeći kule na prilazima Klisu. U Konjskomu, selu sjeverno do Klisa izgrađena je kula u koju su namjeravali smiještati pričuvu, ujedno priječeći komunikaciju između Klisa i Neorića. Druga je kula izgrađena u Grlu, najvjerojatnije je podignuta na području nekada zvanom Viskatac, a nalazila se na mjestu koji je kontrolirao prijevoj između Mosora i Kozjaka, odnosno motrila je na nekadašnji karavanski put. Treća je kula podignuta na Kozjaku (danas: Kulina) iznad mjesta koje, danas, nosi patronimiske nazive Odžići i Meštrovići. Ova je, danas gotovo srušena, okrugla kula nadgledala put (vrlo uzak i uvijek teško prohodan) kojim se iz Zagore moglo doći u Solin. Kružić je mogao slobodno u Kaštela i Solin i uzmaknuti ili se predati.
Toma Niger je već drugi put donio hranu i streljivo te pomogao da se grad oslobodi i nakon Orlovčićeve smrti ostao je jedina snažnija potpora Kružićevim nastojanjima. Sljedeće godine (1531.) vidjevši da je moguće opkoliti Klis sa svih strana Husref-beg je na istočnim salonitanskim bedemima podigao utvrdu kojom je zatvorio sve putove iz Splita prema Klisu. Zapovjednik solinske utvrde Malkoč-beg dobro ju je opskrbio očekujući da će Kružić prvo na njega udariti. Tako se i dogodilo.
Naime, Kružić je vraćajući se od pape Klementa VII., u Anconi saznao da je Klis u rukama Mlečanina Nicole Querinija koji je nagovorio dio posade da mu preda tvrđavu, da bi u nju uveo Poljičane, a onda naredio potknezovima Cimbriću i popu Šimunu da napuste grad, a s njima i dijelu vjerne Kružićeve posade koji se protivio predaji Mlecima.
Kružić je u kod Šibenika došao Tomi Gvozdanoviću, izbjeglici iz Klisa, i naložio mu da otme Klis. Gvozdanović je vrativši se u grad, iskoristivši otsutnost Querinija i njegovih vojnika, pobunio puk. Querinijeve pristaše su pobjegle, a Kružić je vrativši se dao posjeći sve Turke osim sandžak-bega. Tada su topovima srušili solinsku utvrdu i 17. rujna 1532. godine ubili sve Turke u njoj. Nakon toga je Kružić vodio napad na tvrđavicu čačvinu, provalio u nju i pobio svu posadu, a utvrdu zapalio. Ti su uspjesi Kružićevih vojnika imali velikog odjeka među pukom koji je vjerovao da će Kružić uspjeti obraniti Hrvatsku od napada; sve je manje prebjega iz ugroženih mjesta, a ovi, gerilski, pothvati učvrstili su Kružićevu kapetaniju te je dobivao brojne istomišljenike, suradnike i suborce u svojim nastojanjima. Međutim, turska se vojska nije namjeravala odreći Klisa jer su istambulski stratezi u njemu vidjeli odskočnicu za trajnu vladavinu nad srednjom Dalmacijom. Zbog toga su 1534. godine Mehmed-beg Mihalbegović, tada već bosanski sandžak-beg sa Piri-begom, hercegovačkim sandžak-begom gotovo mjesec dana topovima tukli tvrđavu Klis, ali opet bezuspješno.
Sljedeće, 1535. godine, Turci su pokušali, početkom veljače, sa starom taktikom, potkupljivanjem, osvojiti Klis, ali nisu uspjeli, kao ni 1536. godine kada im ni pomoć splitskog kneza Urbana Bollanija nije pomogla. Gazi Husref-beg je iste godine, u rujnu, pod Klis doveo tursku vojsku koja je obnovila kulu iznad Ozrne, istočno od tvrđave Klis, podigao srušenu utvrdu u solinskoj Gradini te treću izgradio u Kučinama, pod Mosorom, istočno od Klisa čime je priječio prolaz preko Mosora od strane Stobreča i Kamena. Kružić je doveo iz Senja vojsku kralja Ferdinanda I., sedam stotina papinskih vojnika i nešto uskoka, ukupno manje od 3.000 vojnika. Dok je turska vojska gradila utvrde, prilazne putove i priječila prolaz do Klisa paleći polja i odvodeći stanovništvo u ropstvo, Kružić je morao, osim vojnika, u Klis dovesti hranu i streljivo. 1537. godina započela je strašnom zimom; u Klisu je nestajalo hrane, streljiva je sve manje; moral branitelja je sve slabiji jer moraju ginuti za vodu budući da cisterne u tvrđavi nisu dovoljne za veliko ljudstvo i za konje, a Turci su zauzeli sve izvore pitke vode izvan grada (Belimovaču, Tri kralja, Bađanu, Ilijino vrilo); među braniteljima došlo je i do nehumanih postupaka.
Kružić se noću između 11. i 12. ožujka 1537. godine, uoči blagdana svetog Grgura) neopaženo iskrcao u solinskoj luci vodeći pomoć gradu kojeg je branio više od dvadeset godina. Prvo je morao spaliti utvrde oko Klisa te je, u prvom naletu, srušio utvrde na Ozrni i Kučinama, a nakon toga navalio na solinsku Gradinu ne znajući kako je jaka njena posada. Murat-beg Tardić, Hrvat, šibenska poturica i Malkoč-beg, vodeći 2.000 konjanika i nešto pješaka napalo je Kružićevu vojsku.
Kružić se borio rame uz rame sa svojim malobrojnim uskocima. Strani plaćenici, iako dvostruko brojniji od Turaka, odmah su pobjegli na brodove. Kružić je sa svojih dvjestotinjak ljudi davao otpor desetorostruko brojnijem neprijatelju koji ga je stalno potiskivao prema brodovima. U posljednji trenutak svi su se ukrcali.
Međutim, brod pretrpan ljudima i opremom, nasukao se na pješčano dno i Turci su opet žestoko napali. U tom metežu Atli-aga ubio je Petra Kružića odsjekavši mu glavu koju je Murat-beg Tardić slavodobitno nataknutu na koplje donio pokazati kliškim braniteljima. Ostavši bez svoga kapetana, kliški se branitelji povukoše i napustiše Klis. Većina ih ode u Senj, u sjedište svoje kapetanije, te nastaviše borbu protiv Turaka u desetljećima koja su uslijedila – kao senjski uskoci. Kružić je pokopan u crkvi Blažene Djevice Marije na Trsatu gdje je kasnije položena i njegova glava koju je njegova sestra Marija otkupila od Turaka, a grob mu se nalazi i danas pred oltarom s oltarne desne strane.
Kršćanska Europa je njegovom pogibijom izgubila jednog od svojih najvećih branitelja, ali je mogla uživati u svojoj sigurnosti i razvijati se gospodarski, uživati u novim prekomorskim posjedima, dok su Hrvatima namijenili cinične riječi utjehe kao što je kralj Ferdinand I. Habsburški pisao Kružiću hrabreći samoga sebe: “Znajte da smo već dugo i dosta nastojali pomoći vam i da smo sve odredili za vaše izbavljenje, te se čvrsto nadamo da će ta opsada biti sasvim raspršena i razbijena, kao što ćete zbilja za malo dana čuti.” Nakon što je kralj Ferdinand Kružiću doista poslao pomoć od tri tisuće vojnika, izazvao je njegovu smrt jer je Kružić, ne znajući da je dobio kukavnu vojsku poginuo vjerujući da mu je ta pomoćna vojska dostojna boriti se s hrvatskim uskocima.

Osvojivši Klis Turci ga odmah učiniše središtem sandžaka (live) koji je u to vrijeme bio veća administrativno-politička jedinica Otomanskog Carstva. Isprva se Kliško-lički sandžak obuhvaćao livanjsko i grahovsko područje, Krbavu, kopneni dio Dalmacije od Poljica do velebitskoga Podgorja, a kasnije je podijeljen na dva sandžaka: Kliški i Lički. Novouspostavljeni Kliški sandžak je obuhvaćao teritorij zaokružen Drnišom i Vrlikom te preko Bunića, Bilaja i Plevalja do Rame na sjeveru od Neretve. U njemu su uspostavljene staroostrovička, petrovačka, ključka (sjedište: Ključ na Sani) i hlivanjska kapetanija jer su i Turci na pograničnim mjestima postavljali kapetane. Već krajem XVI. stoljeća u Klisu je bio postavljen kapetan, a kasnije i u navedenim mjestima.
Prvi sandžak-beg kliški postao je njegov osvajač Murat-beg Tardić, a nakon njega Malkoč-beg Karaosmanović. Kapetan kliški nadzirao je prolaz robe kroz kliški klanac, a njegov dizdar to je radio u selu Konjskom. Valja reći da je osim sandžak-bega u Klisu bio imenovan alajbeg (u suvremenoj vojsci: brigadir), inače zapovjednik spahijama, zatim dizdar i kadija. Od ostalih nižih časnika i dočasnika u dokumentima se spominju asapaga, zatim mustahfiza i azap alufedžije. Danas ne poznajemo većinu imena kliških kapetana, a u više izvora spominju se Ibrahim-aga (1596. godine kada je Klis nakratko oslobođen) te Alija-aga (Aliaga).
Veći dio stanovništva, koje je živjelo do Kružićeve smrti u Klisu, izbjeglo je u Senj i na srednjodalmatinske otoke, a dio i u Trogir gdje su neki Klišani imali imanja. Turci su, stoga, morali privući stanovništvo u prvom redu iz gospodarskih razloga, a zatim iz vojno-strateških potreba. Odmah su pokušali uspostaviti živu trgovinu s mletačkom Dalmacijom, zauzeli su sve solinske mlinice čime su kontrolirali opskrbu i prehranu Splita žitom.
Zemlja koju su osvojili Turci postala je erâzi miri (emirova, sultanova, dakle državna zemlja), odnosno postala je sultanov (carski) has. Erâzi miri je sultan (senior) mogao davati kao feude spahijama (vazalima) ili drugim službenicima. U Klisu su zemlju dobivali spahije, a ti posjedi (feudi) nazivani su timari, zijameti i hasovi. Međutim, timari, a takvi su bili posjedi u Klisu, nisu se mogli prodavati, davati u zakup, nasljeđivati i slično, nego su njihovi posjednici trebali prikupljati svoju rentu i biti odani vladaru.
Raja je mogla biti kršćanska (sa sitnim posjedom zvanim baština) ili muslimanska (sa sitnim posjedom zvanim čiftlik) te je plaćala rentu kao i u drugim područjima Osmanskog Carstva u robnom, novčanom i radnom obliku, a kršćani su državi morali plaćati i porez na glavu – harač ili džiziju, a do polovine XVII. stoljeća i tzv. devširmu, odnosno danak u krvi. Stanovništvo u kopnenom dijelu Dalmacije bilo je povlašteno utoliko što je trebalo plaćati porez u novcu i uglavnom je bio oslobođen plaćanja ostalih nameta. Kako je Klis bio slabo naseljen i to uglavnom muslimanskim pukom, ono je bilo oslobođe.no najtežih davanja, ali je zauzvrat vršilo vojničku (stražarsku) službu.
Stoga su Turci privlačili nadničare, težake iz Splita i Kaštela i davali im zemlju na obrađivanje te pravo na ispašu njihove stoke. Inače je jedan granični pojas zemlje između turskoga Klisa i mletačkoga Splita bio neobrađen da ne bi dolazilo do oružanih sukoba. Već. 1576. godine jedno je mješovito povjerenstvo odredilo granice Splita.
Mlečani su pokušavali u više navrata osvojiti Klis, a nalazili su vjerne saveznike u Hrvatima koji su do Klisa pokušavali doći svih 111 godina turske vladavine u njemu. Poduzimali su razne akcije, a najviše su se zalagali prikupiti podatke o snazi grada Klisa te manjih utvrda, čak i čardaka na području sandžaka. Željeli su doznati turske potencijale, snagu pojedinih utvrda s naoružanjem i brojem vojnika, raspored straža i vojnih snaga, podatke o važnijim časnicima i dočasnicima te, ako je moguće, planove. Mnoge podatke dobivali su od svećenstva koji su pohodeći područja pod turskom upravom crtali i zapisivali podatke, ali mnoge podatke dobivali su od kršćanske raje iz tih krajeva, te od samih potplaćenih Turaka. Tako su Mlečani doznali da Turci slabo upravljaju kliškom tvrđavom držeći u njoj slabu posadu, opskrba vodom im je slaba jer nisu izgradili nove cisterne koje bi trebale poslužiti za vrijeme mogućeg napada, topovi su im u slabom stanju, ali iako neodržavana, ova se utvrda možda može, po ondašnjim izvješćima, osvojiti sa sjeverozapada, gdje se nalaze vrata, a “s druge strane ne može mu se naškoditi, jer su to nepristupačne zidine.”
Najpoznatiji pokušaj oslobođenja Klisa, kada je Klis privremeno bio otet Turcima, uz pomoć dijela turske posade, organiziran je 7. travnja 1596. godine od strane splitskih plemića Ivana Albertija i Nikole Cindra kojima su pomogli uskoci, Poljičani, Kaštelani i Bračani. Sandžak.beg Mustafa je odgovorio opsadom dovevši pod kliške zidine preko deset tisuća vojnika. Klisu i njegovim braniteljima, kojih je tada bilo oko 1500, pokušao je pomoći general Juraj Lenković vodeći oko tisuću vojnika i uskoka, ali je i sam bio ranjen te se, poražen, povukao. Klis je predan Turcima 31. svibnja, no ovo je privremeno oslobođenje odjeknulo u Europi te među domaćim stanovništvom i uskocima davši im snažnu potporu njihovim nastojanjima.

Uskoci su, inače, prebjezi koji su iz krajeva paharanih turskim najezdama preseljavali u druge hrvatske krajeve te uskakali u turski teritorij nastavljajući borbu za svoj narod. Povijesna uloga uskoka nije bila samo u borbi protiv Turaka, budući da su oni napadali i Mlečane, osobito oni uskoci nastanjeni u Senju, pljačkajući i potapajući njihove trgovačke brodove. Mnogi su uskoci u Klis došli iz već pokorene Hercegovine tako da ih tridesetih godina imamo pod Kružićevim vodstvom pod Klisom, a odmah nakon pada Klisa prelaze u Senj gdje ih nalazimo kao vojnike Hrvatske krajine i gradsku posadu koja se formacijski sastojala od četiri kumpanije. Uskoci su protiv Turaka ratovali zbog osvete, a protiv Mlečana su bili motivirani i bogatim plijenom jer im je taj prihod postao mogućnost opstanka zbog malih i neredovitih plaća. Austrija je, također, kao i Venecija, kalkulirala s položajem uskoka često im ne pružajući potporu u sukobima s Venecijom. Ovi su uskoci, sudjelujući s drugim Hrvatima iz Zagore, tijekom kandijskog rata također nazivani Morlacima, a narodna im epika posvećuje najljepše stihove hrvatske usmene narodne književnosti te ovdje donosimo kratke životopise poznatih uskoka koji su sudjelovali u vojnim operacijama pod Klisom.

Juraj Daničić, podrijetlom iz Bosne, prelazi u Klis, a nakon pada Klisa prelazi u Senj. Najpoznatiji Daničić je Juraj III. Daničić koji je 1582. godine vodio uskoke zauzeti Klis, Solin i Kamen, no nije uspio, ali mu je zbog toga pothvata ucijenjena glava. 1587. godine poduzeo je pohod u neretvanski kraj, a iste je godine kraljevskim ukazom postao plemić. Sudjelovao je u borbi za Klis 1596. godine.
Te je godine u borbama za Klis sudjelovao i najopjevaniji hrvatski epski junak Ivan Vlatković, Senjanin Ive. On je, također, podrijetlom iz Hercegovine, a po ocu Novaku u dokumentima ga, pored prezimena Vlatković, Vlatko, Vlatcovi, Vlacov, Ladko ili Latko, zapisuju Novaković ili Novaković-Vlatković. Majka mu je bila od Domazetovića. Prvi podatci o Senjaninu Ivi potječu baš iz 1596. godine za vrijeme zauzeća Klisa gdje se Vlatković istakao te je nagrađen od nadvojvode Ferdinanda. 1603. godine vodio je uskoke u okolicu Primoštena, a sljedeće godine u Liku te u okolicu Zadra, Šibenika, Splita, te opet pod Klis i na Hvar. 1606. godine opet pregovara o zauzimanju Klisa budući da vodi šest stotina uskoka, ali već sljedeće godine mu Mlečani ucjenjuju glavu na 5.000 dukata. Nekoliko je puta u zatvoru, ali svaki put bježi. 1609. godine knez Nikola Zrinski piše o Vlatkoviću “da se ne boji ni Boga ni vlasti”. 3. srpnja 1612. godine je za primjer “drugima slična ponašanja” osuđen na smrt i pogubljen mačem, u prvom redu jer je održavao veze s istaknutim ljudima svoga vremena (npr. sa španjolskim kraljem), ali zbog hrvatskog domoljublja nije bio omiljen među Habsburzima.
Početkom XVII. stoljeća istakao se senjski uskok Vicko Hreljanović koji je s nekim Matom, Klišaninom, vodio 160 uskoka i napadao mletačke brodove.
Za vrijeme kandijskog rata u borbama pod Klisom sudjelovali su istaknuti i opjevani junaci Stojan i Ilija Janković, Petar i Ilija Smiljanić te Vuk Mandušić.
Stojan Janković je bio zapovjednik Ravnih kotara u mletačkoj službi te je vodio Hrvate prilikom oslobođenja Klisa 1648. godine. Poginuo je 1687. godine.
Ilija Smiljanić je tijekom kandijskog rata bio uskočki četovođa pod Klisom, a poginuo je 1654. godine.

” Netom kršćanska vojska izađe na bojno polje, oni će joj se sa svojim pukom pridružiti proti Turcim, zapalit će svoje kuće i razrušiti sela, pak poći gdje im bude naređeno…”
U samom početku kandijskog rata (1645. – 1669.) vođenog između Venecije i Turske za Kandiju (Kretu) i u našim krajevima vođene su velike priprave za oslobođenje hrvatskih teritorija iz otomanskih ruku. Kako je Kandija igrala, svojim položajem, veliku ulogu u osiguranju plovidbe Sredozemljem, tako je i prostor između Cetine, Krke, Zrmanje i Udbine u prvom redu imao gospodarsko, a onda, svakako, vojno-strateško značenje za Veneciju. Ovdje pripominjemo da je slabo napučena zemlja pod turskom vlašću bila loše obrađivana, bez dovoljnog broja podložnika, raje, pa su klišku zemlju obrađivali Poljičani, Žrnovčani, težaci iz Splita i Kaštela. Turski su nadničari, sudeći po dokumentima, bili manje izrabljivani od begova i aga, nego od mletačkog plemstva u Splitu ili od biskupa. Stoga su, bez obzira na protivljenje mletačkog plemstva i Crkve, ipak obrađivali turska imanja.
Uoči kandijskog rata mletačka je vojska u Dalmaciji imala samo 1070 plaćenika pješaka i 329 konjanika (prema izvješću generalnog providura Grimanija), a glavnu snagu imala je u domaćem puku, odnosno u 8.000 naoružanih hrvatskih ljudi, uvijek spremnih za obranu. Međutim, za dugotrajne opsade, narodni rat, odnosno veće operacije Venecija nije imala snažnu vojsku. Stoga je Leonardo Foscolo, mletački general, odlučio ratovati uz pomoć lokalnog pučanstva, Hrvata, pod mletačkom i pod turskom vlašću. Znao je, naime, ako ih pridobije na svoju stranu da će dobiti vojnike uvijek spremne i vične ratovanju: primorci su se stalno morali braniti, a zagorci su desetljećima ustanici, uskoci i hajduci. Poraz iz 1537. godine Hrvati nisu zaboravili, odnosno uskočki zavjet da će se vratiti u Klis. te su u više navrata pokušavali to i ostvariti čekajući svoju konačnu priliku.
Kandijski rat počeo je u Dalmaciji 1646. godine (te godine i Foscolo postaje zapovjednikom), a prvi veliki pothvat pokušava Tekeli-paša neuspjelom opsadom Šibenika (1647.) kada je izgubio 3.000 vojnika. U prvim bitkama i jedna i druga strana su promjenjive ratne sreće. Turci osvajaju Zadvarje, ali gube Zemunik i njegovo područje (Suhovare, Islam); Mlečani ne uspijevaju osvojiti Skradin, ali uspijevaju uzeti Novigrad i Obrovac, Vranu te napokon Skradin iz drugog pokušaja. U isto vrijeme, ratujući uz domaće primorsko pučanstvo, pregovaraju s Vlasima (Morlacima) oko njihova udjela u ratu znajući da bez njih ne mogu osvojiti najsnažnija turska uporišta u Dalmaciji: Klis i Knin.

Od doseljenja Hrvata na područje Istočnog Rimskog Carstva ili Bizanta građani se smatrahu cives romani, a doseljene Hrvate su zvali Sclavi i smatrahu ih barbarima. Novodoseljeni Hrvati nisu se, međutim, zadržavali u gradovima (Solinu, Splitu, Trogiru…), već su stanovali, uglavnom, izvan njih, dalje od morske obale te nisu govorili romanskim jezikom. Ti ljudi su za romansko stanovništvo bili Morlacchi ili Valacchi, a njihov, hrvatski jezik, nazivali su lingua morlacca. Klaić u Rječniku stranih riječi piše da je ime Morlaci upotrebljavano često u pogrdnom smislu za stanovnike sjeverne Dalmacije (Zagore), “nekada stočare dinarskog soja; odnosilo se podjednako i na katolike i na pravoslavce”. Simeonov Enciklopedijski rječnik lingvističkih naziva određeniji je u objašnjenju naziva Morlaci i kaže:

morlački < t. Morlaco <MAUROVLACH = mauró-vlachos (grč. mauros – crn + vláchos – Vlah); tur. Karavlah – crni Vlah, Rumunj; lat. Nigri Latini – Crni Latini – romanski pastiri u gorama od Skadarskog jezera do Velebita; jezik sačuvali, uz hrvatske elemente, do početka XIX. st. S Rumunja je od XVI. st. ime Morovlah preneseno i na dalmatinske Vlahe, odnosno na stanovnike kopnenog područja Dalmacije (Zagore) koji govore hrvatskim jezikom, a ime “morlački” (u podrugljivom smislu) za njihov lokalni govor.
Po ovomu zaključujemo da je ovo historijski, ali podrugljivi, naziv za pučanstvo kontinentskog dijela mletačke Dalmacije, a isprva je bio naziv za planinske pastire, stočare koji iz svojih obitavališta nisu vidjeli more, označavao je potomke balkanskih starosjedilaca (romaniziranih Dačana, Dardanaca i, u prvom redu, Ilira). Atribut “crni” vjerojatno su dobili po odjeći od mrkoga sukna. Primorsko (gradsko) stanovništvo tim je imenom nazivalo sve stanovnike, Hrvate i nehrvate, u brdovitom zaleđu dalmatinskih gradova. Mlečani su Morlacima nazivali svo stanovništvo, uključujući i izbjeglice iz Bosne, osim stanovnika gradova. Stoga, autori koji pišu o Morlacima i njihovim poglavicama (Difnik) ustvari pišu o Hrvatima i njihovim plemenskim (seoskim) vođama koji su sudjelovali u mletačkim vojnim operacijama oslobađajući hrvatske zemlje od Turaka.
Neki su Morlake smatrali potomcima Skita, Dačana, Sarmata, pa čak i Mongola. Mlečani su ih nastojali, kao dobre ratnike, privući radi obrane svojih posjeda. Ilija i Stojan Janković, Petar i Ilija Smiljanić, Stipan Sorić…bili su vješti i opjevani ratnici u borbama protiv turske sile. Nakon pada Mletačke Republike ime Morlaka nestaje, a ostaci neslavenskih Morlaka (koji su i inače bili manjina u području Dalmatinske Zagore) postaju prema vjerskoj pripadnosti Hrvati ili Srbi.

O Foscolovim pripravama ot. Stipan Zlatović piše kako “dovede mjerače, vojvode i časnike te novac za ratne sprave; pregleda tvrđave, razredi posade; u Splitu zaokruži nasipe…” Još 1566. godine mletačka je vlada naredila ustroj domaće vojske “ove prekomorske strane”, ali tek Foscolo započe ozbiljni ustroj narodne vojske. Najprije je zatražio pomoć franjevca ot. Petra Kačića u Makarskoj zatraživši da franjevci pokrenu narod u turskom podaništvu (kršćansku raju) kako bi dobio vojsku. Upravo ta je vojska osvojila, uz pomoć otočana, kao prvu tursku utvrdu tvrđavu u Zadvarju. Nakon toga Foscolo na Visovcu od gvardijana ot. Mije Bogetića traži da župnici urede opći ustanak. U to doba javljaju se neki od velikih hrvatskih ratnika, uskoka, junaka epskih pjesama: svećenik Stipan Sorić, Ilija Smiljanić, Stojan Janković, Vuk Mandušić. Stipan Sorić je nastojeći što više naškoditi neprijatelju otišao pod Gračac, osvojio ga, poharao i zapalio. S pučkim prvacima tajno su se dogovarali župnici, iako su svi franjevci bili nadzirani u svim mjestima, a bila su utvrđena i sela. Novi visovački gvardijan ot. Pavao Širitković i vikar ot. Nikola Ružić iz Petrova polja sa župnikom ot. Šimunom Brajenovićem dovedoše u Šibenik knezove i poglavice iz Zagore, Petrova polja, Promine i Miljevaca uglaviti pismeni dogovor s Mlecima. Vlasi su (Hrvati) zbog poštivanja dogovora trebali dati taoce i to nekoliko vodećih glavara, a Foscolo im je službeno zajamčio da će biti primljeni i da će se prema njima odnositi kao prema dobrim podanicima te da će se štititi njihove obitelji i imovina. Zauzvrat, morali su zapaliti svoja sela i kuće te skloniti obitelji kamo Foscolo naredi. Te su ugovore prihvatili poglavari svih trinaest sela u Petrovu polju pa čak i neka oko Klisa. Stanovništvo je smješteno u Šibenik, pa onda u Vranjic gdje su neki ostali do oslobođenja Klisa, a neki se naselili u Klisu, Solinu i okolici.
Na samom početku 1648. godine oslobođen je Drniš, napadnut Knin te zauzeta Vrlika čime je put prema Klisu bio slobodan. Knin tada nije oslobođen, ali Foscolo je znao da će zbog ovoga napada na grad, Turci pojačati posadu te će, vezanjem većeg broja vojnika za Knin, biti oslabljena posada u Klisu. Početkom ožujka, nakon kraćeg odmora u Šibeniku, Foscolo iskrcava u Solinu 10.000 vojnika. Klis je došao braniti kliški sandžak Mehmed-beg, sin Mustaj-bega, sestrića sultata Sulejmana II., a s njim njegov ćehaja Mustaj-beg Nurulahović. U Klisu je već boravio Ahmat-aga Baraković, Solinjanin Ahmed-spahija Omerpašić, kapetan Kamena i više drugih turskih uglednika koji su se tu zaklonili s pokretnom imovinom i obiteljima. Uz mještane, janjičare, vojnike turski su branitelji imali više od tisuće naoružanih i za rat sposobnih ljudi.
Znajući da prije napada na sam grad mora osvojiti i porušiti okolne kule (Ozrnu, Greben, Kulinu) te zauzeti putove, Foscolo šalje 16. ožujka grofa Scota da zauzme Greben, zapadno od tvrđave. Greben je idealno mjesto za postavljanje topništva, a čuvala ga je turska predstraža koja se povukla u tvrđavu vidjevši napadače. Uvidjevši da neće biti ništa od laganog ulaza u grad, Foscolo naređuje opsadu. Pukovnik se Britton, vodeći njemačke i talijanske pješake, zaustavio kod Sinjskog puta, istočno od tvrđave. Stipan Sorić i harambaša Vuk Mandušić vodili su Vlahe, Trogirane, Poljičane (koji su došli s harambašama Jankom Marjanovićem, Matijom Pavlovićem, Ivanom Nadićem i Kačićem). Vitez della Talloniera i Posedarski držali su drugi prolaz, a stražarnicu na Mosoru zapovjednik Crutta. Talijani su držali naselja na sjeveru, a ostala naselja oko tvrđave su držali Vlasi pod budnim okom zapovjednika Scurre. Konjica je bila zapadno pod tvrđavom, kod zdenca Sv. Tri kralja.
Napad na tvrđavu je započeo topničkom vatrom s Grebena. Uskoro su uspjeli Foscolovi mineri srušiti glavna vrata, ali otraga se pokazao zemljani nasip kojeg je trebalo rušiti topničkom paljbom. Nakon ulaska u prvi obrambeni tvrđavski obzid, kršćanska je vojska izgubila dosta svojih vojnika zbog loše navade. Naime, umjesto da i dalje napadaju Turke u istočnom dijelu tvrđave, odmah su počeli pljačkati te su ih Turci na trenutak omeli ubivši više vojnika. U tom ataku sudjelovale su čak i žene.
Saznavši da će Klis pasti, paša Tekeli pohitao mu je pomoći, ali ispod Ozrne dočekali su ga Stipan Sorić i Vuk Mandušić porazivši ga i tjerajući ga sve do sela Dugopolja.
Shvativši da neće preživjeti opsadu, Turci se odlučiše pregovarati. Iz tvrđave izađu Isay-beg Atlagić, potomak Atli-age koji je Petru Kružiću odrubio glavu, Ahmat-aga Omerpašić i janjičarski pukovnik Mehmed-aga. Nakon višednevnih pregovora Turci su se predali, a ugovor je potpisan na galiji u solinskoj luci 6. travnja 1648. Na izlasku, međutim, došlo je do nereda jer su se naši ljudi sjetili svih poniženja i turskog terora te su Poljičani odmah sasjekli silovitog Ahmet-agu Barakovića i njegovu pratnju, a nastavilo se pljačkanjem tako da je i samom sandžaku skinut ogrtač i oduzet turban s glave, a iz toga nemilosrdnog pokolja preostalo ih je gotovo tisuću i dvije stotine.
Sutradan je general Foscolo na tvrđavi Klis podigao vlastitim rukama zastavu Republike Sv. Marka te je odslušao svečanu misu, klečeći na osvojenim turskim zastavama u crkvi sv. Vida (džamiji), koju je služio skadarski biskup.

Kliški osloboditelji različito su prošli nakon ovoga herojskog čina. Svećenik Stipan Sorić nastavio je ratovati. Uputivši se iz zadarskog kraja s dvije tisuće Hrvata, stigao je u Liku, pod grad Ribnik, spalio okolna sela, ali su ga Turci zaskočili i ubili ga strašnom mučeničkom smrću. Vuk Mandušić je s Ilijom Smiljanićem također nastavio ratovati protiv Turaka. Vuk se Mandušić zalijetao duboko u turski teritorij (Ključ), a kod kule Zečevo ubio ga je beg Vidimlić iz Glamoča već 31. srpnja 1648. godine.
Ilija Smiljanić poživio je još nekoliko godina primivši na sebe svu odgovornost narodnog junaka te je nastavio gerilski rat surađujući s Mlecima. Bio je na Vakufu, Zvonigradu, Udbini…, a poginuo je 5. rujna 1654. na Vučjaku na Velebitu.
Harambaša Jure Listeš također je nastavio borbu protiv Turaka. Poznato je da je 1666. godine vodio dva odreda (Kaštelane i Zagorce) te bio poražen u bici kod Obrovca na Cetini gdje je izginulo znatno više Hrvata nego Turaka.

Hrvatski harambaše u kandijskom ratu bili su:
Jerko Suić, Mihovil Ivančević, Jakov Krilić, Vuica Šilović, Ilija Baričević, Nikola Parašić, Jakov Gangić, Lovro Mihić, Miloš Mandić, Petar Grubišić, Juraj Listeš(ević), Jakov Baranović, Stjepan Poljak(ović). Leonardo Foscolo u svom pismu iz 1650. godine donosi popis narodnih harambaša, ali u njegovom popisu uz navedene nalazimo i ime harambaše Stjepana Lukrića.

Kandijski rat završava mirom 1669. godine, a granica između turskih i mletačkih posjeda u Dalmaciji pomaknuta je sjeverno od Klisa. Pregovori o razgraničenju nisu bili laki. Naime, pregovarači s turske strane imali su velike posjede u Klisu i okolici, a konačni sporazum potpisan je u Solinu 24. listopada 1671. godine. Naseljeno stanovništvo je dobilo zemlju, a državi je moralo davati desetinu od prihoda, a prvi zakupnik svih prihoda u Klisu je Matij (D)žakulić zvan Polastro (Pijetlić) koji daje 7. svibnja 1667. godine dopuštenje da se može žeti.

Kao što smo ranije rekli, zemlja je u Klisu, po turskom agrarnom sustavu, bila erazi mirie, tj. emirova, državna zemlja, te je bila podijeljena u spahijska lena i carski has. Carskom (sultanovom) zemljom neposredno su upravljali državni službenici defterdari, a spahijska lena bila su razdijeljena među rajom tako da su ta imanja bila nasljedna. Tursko i Turcima naklonjeno stanovništvo izbjeglo je nakon oslobođenja Klisa pa je ostalo svega nekoliko porodica.. Međutim, Foscolo je izvršio obvezu iz dogovora s pučkim poglavarima te naselio novo stanovništvo na tzv. “novu stečevinu” (nuovo acquisto) tako da je za novo stanovništvo (popoli nuovi) važila organizacija vojno – lenskog tipa čime je Venecija slabila turski gospodarski i vojni potencijal, a novim ljudima jačala svoj potencijal i značaj. U Klis, Solin, Stobreč, Žrnovnicu, Kamen, Strožanac dovedeno je oko 450 obitelji s gotovo 1.000 boraca iz Petrova polja i nekih drugih zagorskih (bližih) sela.
Providur je dijeleći zemlju najprije namirio Morlake i pokrštene Turke (Hasana Bogovića pokrštenog u Ivana Krstitelja Benzona koji je postao guvernatur postavljen od generalnog providura; zapisano je kako je 1657. godine bio zapovjednik na nekoj galiji) te za Turkinje koje su ostale i udale se. Te su Turkinje dobivale imanja svojih očeva pa su i splitski plemići vjerovali da će dobiti natrag imanja svojih obitelji izgubljena turskim osvajanjem Klisa 1537. No, prevarili su se! Mlečanima nisu bili važni njihovi zahtjevi jer su morali osigurati zemlju za ratne pobjednike te time osigurati novo stanovništvo, ali i novu snažnu vojsku na uvijek nesigurnoj granici s turskim posjedom.
Hrvati su zemlju koristili vrlo povoljno budući da su bili dužni plaćati desetinu prinosa državi, ali uz vojnu obvezu jer su dnevno morali izdvajati ljude za stražu (puškare) na Kozjaku i Kočinjem brdu. No, za tu stražu su bili plaćeni, a polustoljetne borbe pritiv Turaka su ih naučile na pušku, sablju i konja. harambaše su bile oslobođene poreza, a primali su i mjesečnu plaću od 4 dukata. 13. siječnja 1656. godine terminacijom im je generalni providur Zen pokušao povećati porez na šestinu (takav su porez plaćali starosjedioci), ali se ravno u Veneciju upute don Ivan Božanović i dvojica harambaša: kliški Juraj Listeš i vranjički (solinski) Luka Mikelić te je Senat povoljno riješio njihovu žalbu i vratio porez na desetinu čime je još jednom potvrđena zahvalnost Mletaka za ratne zasluge. Valja pripomenuti da su Mlečani nametima, hvatanjem nevinih Hrvata (Morlaka) i odvođenjem u ropstvo na galije postali omrznutiji gospodari od Turaka. Mnogima su se svojim postupcima zamjerili te se dio puka vratio na turske posjede. Iz Klisa su neki prebjegli među Turke zbog vlastitih zlih djela pa su tako bježali od ruke pravde. Međutim, još je Foscolo u Šibeniku dao udaviti neke morlačke vođe jer su pripremali bijeg svojih ljudi ponovno Turcima.
U Klisu i okolnim mjestima naseljeno je novo stanovništvo, ali je ostalo nešto turskog puka, u prvom redu žena koje su se udavale za došljake te tako zadržavale imanja svojih očeva. Neki su se Turci pokrštavali također zbog imanja, ali i zbog vršenja državnih službi koje su bile dobro plaćene od strane Mlečana. Tako don Lovre Katić piše: “U knjizi krštenih kliške župe pod godinom 1669. … , nalazi se ova zanimljiva bilješka: ‘I ovo neka se zna kako imenom turskim Jusuf Kudić s osmoro čeljadi prihvati svetu viru i kršćenje, i krsti i(h) ja don Grgur, oba sina istoga Jusupa, nadi ime Jusupu Matiem i starijemu sinu Petar koji imaše osam godišć. I bi kum Pijero Baroci a kuma Ivanica žena Jure arambaše Listeša. Krsti ih (!) drugoga sina imenom Nikole. Bi mu kum Nikoleto, sin istoga Pijera Barocija, a kuma Šimunica, žena Matija Žakulića. Sve se krsti na 10. juna 1669.’
Osim pokrštenih Turaka u Klisu su živjeli i sužnjevi, zarobljeni tijekom ratnih operacija, a u aktu iz 1667. godine nalazi se popis robova te se navodi da ih je u Klisu 66, od toga u vlasništvu harambaše Listeša 4 roba, Šimun Perković ih je imao 5, a najviše Klišanin Ivan Aslija 7, dok je u okolnim mjestima bilo manje roblja (u Vranjicu samo 7, a u Kamenu, Strožancu i Stobreču nema roblja). Spominje se slučaj solinskoga harambaše Paraća koji je u Klisu 1663. godine kupio jednoga roba na dražbi (!), ali ga je morao vratiti gospodaru pod prijetnjom vrlo visoke globe. Robovi su prodavani i na galije, ali su, također, vraćani u Tursku za određenu otkupninu, a Turci su s kršćanima postupali jednako.
Nakon blistave pobjede nad Turcima tek je nekoliko godina proteklo bez težih okršaja, a dokumenti bilježe pohod bosanskoga paše Seid Ahmeta već 1657. godine kada je doveo silu od preko osam tisuća vojnika utaborivši se ispod Rupotine želeći osvojiti sam Split. Klišku su posadu napadali s Grebena koji su prethodno zauzeli, ali su ubrzo pod zidinama same tvrđave doživjeli težak poraz. Ni aga Baraković nije zaboravio svoje nekadašnje posjede te je poveo nekoliko stotina vojnika 1668. godine na Klis, ali je pobijeđen nakon uspješno postavljene zasjede.
Mlečani su koristili Klis kao glavnu bazu u morejskom ratu (1684. – 1699.) koji je još prije počeo između Turske i Habsburgovaca (1683.) budući da su se u listopada te godine digoše Hrvati iz Dalmacije te zajedno s pobunjenim Ličanima napadoše Turke i oduzeše im Obrovac, Ostrovicu, Benkovac, Drniš i Skradin, dok su Knin i Sinj Turci još, zakratko, uspjeli zadržati.
Mirom u Karlovcima (26. siječnja 1699.) Venecija je dobila sve ono što je na sjeveru osvojila, ali je morala vratiti Turskoj dubrovačko zaleđe, a Požarevačkim mirom (21. srpnja 1718.) dobivena je nova linija razgraničenja koja je utemeljila tzv. najnoviju stečevinu (acquisto novissimo) nazvanu – Linea Mocenigo. Tako je pod mletačku upravu dospio sav prostor Dalmatinske zagore koju su nastavali tzv. Morlaci, pripadnici različitih etničkih skupina, uglavnom Hrvati katolici.
Tijekom morejskog rata istakle su se i kliške čete pa tako povijest bilježi pohod providura Pietra Valiera na Sinj kada su kliške čete vodili harambaše Mate Žakulić i Martin Mihić.

Austrija i Francuska su međusobno podijelile teritorij pod upravom Mletačke Republike te je Dalmaciju na upravljanje dobila Austrija koja je u Klis uvela svoju upravu 1798. godine, ukinula mjesto providura, a uvela upravitelja, prisjednike i kancelara koji su skrbili o svim pitanjima važnim za mjesto. Već nakon sedam godina (1805.) Austrija je morala ustupiti Dalmaciju Napoleonu I. čija je kratkotrajna vlast u Klisu trajala do 1813. godine kada započinje razdoblje druge austrijske uprave u Dalmaciji, a time i u Klisu sve do 1918. Austrija je preustrojila svoju vlast u Dalmaciji organiziravši nove (ili potvrdivši stare) općine pa je i na čelu kliške općine postavljen načelnik (sindik, sindaco = sudac) koji je upravljao u ime cara, a glavare obitelji pozivao je u slučaju da je trebao savjet vezan uz neka mjesna pitanja.
Šezdesetih godina prošloga stoljeća splitski načelnik Antun Bajamonti bio je na čelu onih koji su se protivili ujedinjenju Dalmacije s Hrvatskom dok su s druge strane narodnjaci na čelu s Mihovilom Pavlinovićem, Klaićem, Ljubišom, Pulićem, Sablićem… te pomognuti pisanjem Natka Nodila otpočeli borbu za hrvatstvo prosvjećivanjem nepismenog puka, otvaranjem čitaonica te otvorenom političkom borbom. Njihova je borba u samom početku imala velike zapreke budući da ni činovnici nisu poznavali hrvatski jezik, a malo je bilo i učitelja koji su mogli poučavati djecu hrvatskom jeziku.
1854. godine provedeno je nova teritorijalno ustrojstvo Dalmacije s četiri okružja, trideset jednim kotarom, osamdeset i devet političkih i sedamsto četrdeset tri porezne općine. Klis, u čijem sastavu su porezne općine Klis, Dugopolje, Konjsko i Kotlenice, je bio jedna od političkih općina u sklopu splitskoga kotara. U naseljima većim od dvadeset pet obitelji bio je postavljan seoski glavar podređen općinskoj upravi. U Klisu je narodna stranka osvojila vlast 1878. godine, a prvi načelnik i pobjednik nad autonomašima bio je Vicko Perković. Od te pobjede kliška je općina stalno bila u rukama narodnih stranaka.

Tijekom austrijske uprave u cijeloj Dalmaciji je, pa tako i u Klisu, posvećivana velika pažnja gospodarstvu te je tijekom XIX. stoljeća započeo razvoj industrije. Najvažnija rudna sirovina bila je tupina, a oko Splita, u kaštelanskom te solinsko-kliškom bazenu su najbogatije i najčišće naslage s čijom se eksploatacijom započelo šezdesetih godina prošloga stoljeća prodajom sirovine. Prva tvornica cementa izgrađena je pod Marjanom, u Splitu, a “Zambomi i Stock” su drugu tvornicu izgradili u Sv. Kaji. 1908. godine je u Majdanu kod izvorišta Jadra izgrađena do tada najveća tvornica cementa, u kojoj se počeo proizvoditi tzv. portland-cement, što je za svoje potrebe, ali i za potrebe vodovoda, izgradila hidrocentralu na Jadru neposredno nakon izvora. U ovoj tvornici bilo je zaposleno oko tisuću radnika, uglavnom iz Klisa i okolice.

Austrijanci su prije ostalih javnih potreba gradili ceste želeći što bolje povezati priobalje sa zagorskim dalmatinskim dijelom. Bilježimo, tako, da je cesta iz Splita prema Muću i dalje prema Drnišu, a koja iz Klis Grla skreće s glavne ceste prema Sinju, izgrađena četrdesetih godina XIX. stoljeća. Tada je po prvi put kvalitetnom cestom zaleđe iza Kočinjeg brda povezano preko Klisa sa Splitom.

Pod utjecajima iz europskih zemalja, u prvom redu iz Italije i Austro-Ugarske, u čijem sastavu je i Hrvatska, osnivaju se razne zadruge i seoske blagajne, poticane od vlasti koje su željele suzbiti lihvarstvo. Budući da su u upravama tih zadruga sjedili pismeni i pošteni ljudi, najčešće svećenici, učitelji i glavari viđenijih obitelji, vlasti su poticale zadrugarstvo te donose 1873. godine zakon o privrednim i gospodarskim zadrugama. U početku je zadrugarstvu temelj veresija, ali se sve više razvijaju te postaju kreditne kapitalističke ustanove. članovi zadruga i seoskih blagajni dolaze do jeftinije robe, sjemena, potreba za razvoj poljoprivrede, novca…, a važno je pripomenuti da su seoske blagajne osnivane isključivo u hrvatskim selima dok su srpske imala u nazivu nacionalno ime. 1907. godine u Splitu je osnovan Zadružni savez, a iste godine je u Klisu utemeljena seoska blagajna koja je seljacima davala, osim navedenog, pogodnosti kojima bi produžavale rok isplate duga ukoliko bi godina bila sušna ili nerodna.

Osnovna (pučka) škola u Klisu je postojala, utemeljena od vjerskih vlasti, sudeći po dokumentaciji, još od 1845. godine, a bila je smještena u Klis Varošu u privatnoj kući obitelji Perković, pa bi po ovim navodima bila privatna pučka škola, a ne javna (državna), a nastavu su održavali svećenici. Dr. Stijepo Obad u knjizi “Dalmatinsko selo u prošlosti” (Split, 1990.) iznosi podatke da je nastava u Klisu održavana i sljedećih popisnih godina: 1848., 1876. Sedamdesetih godina XIX. stoljeća nastavu izvode učitelji na hrvatskom jeziku jer je Crkva zakonom izgubila nadzor nad školama. Nastava je bila četverogodišnja, a zbog boljih uvjeta održavana je u kući obitelji Džakula u Varošu.
Uoči Prvog svjetskog rata izgrađena je prva školska zgrada u Klisu (1909. godine), a nastava u njoj održavana je do 1918. godine po školskim zakonima Austro-Ugarske Monarhije, a nastankom Kraljevine SHS, kasnije Kraljevine Jugoslavije, nastava je održavana u skladu sa zakonom o javnim pučkim školama (od 1926. šestogodišnja, također i 1929. godine). 1941. godine nastava prestaje u školskoj zgradi koja je napučena vojskom, a učenici povremeno pohađaju nastavu u kući obitelji Glavina u Varošu, no 1944. godine obnavlja se šestogodišnja nastava u staroj školskoj zgradi.
Nova je školska zgrada predana na uporabu 1977. godine, a škola od 23. rujna 1992. godine nosi ime kapetana i kneza kliškog Petra Kružića.

Željeznička pruga (uskotračna Split – Sinj) kroz Klis je prošla 1903. godine (predana je na uporabu 12. rujna 1903.) kada je na Klis Megdanu podignuta tipska kamena kolodvorska zgrada. Ova pruga je ostala lokalnoga značaja te području kojim je prolazila nije donijela veći gospodarski napredak te je pedesetih godina zatvorena.
Promet Kliškim klancem je osuvremenjen novom cestom koja je građena tek predestih godina XX. stoljeća, a najteža dionica Solin – Klis dovršena je 1956. godine probijanjem tunela ispod tvrđave i betoniranjem desetkilometarske dionice.